Betis

Sinh ra ở Utrera, một tỉnh của Seville, Ceballos gia nhập đội trẻ của Sevilla vào năm 2004 lúc 8 tuổi, nhưng bị trả về năm 2009 vì viêm phế quản mãn tính.[3] Sau đó anh chơi cho câu lạc bộ ở địa phương CD Utrera, và hoàn thành khóa học ở Real Betis sau khi đăng ký vào năm 2011;[4] anh đã ký hợp đồng chuyên nghiệp với câu lạc bộ này vào ngày 22 tháng 2 năm 2014, khi vẫn ở tuổi thiếu niên.[5]

Ngày 26 tháng 4 năm 2014, bỏ qua giai đoạn chơi cho đội B, Ceballos đã chơi trận chính thức đầu tiên cho đội bóng vùng Andalusians, vào thay người những phút cuối trận thua 0–1 tại La Liga trên sân nhà, trước Real Sociedad.[6] Anh ghi bàn đầu tiên trong sự nghiệp vào ngày 21 tháng 12, đó là bàn mở tỷ số trong trận thắng 2–0 trên sân nhà trước Racing de Santander tại giải Segunda División;[7] anh ra sân 33 trận và ghi 5 bàn cho đội bóng vùng Verdiblancos tại giải, giúp họ trở lại La Liga[8]

Ngày 15 tháng 20 năm 2015, sau quá trình dài đàm phán, Ceballos đã gia hạn hợp đồng với câu lạc bộ đến năm 2020.[9] Anh ghi bàn đầu tiên tại La Liga ngày 16 tháng 4 năm 2017, đó là bàn ấn định tỷ số 2–0 trên sân nhà trước SD Eibar.[10]

Real Madrid

Ngày 14 tháng 7 năm 2017, Real Madrid thông báo đã ký hợp đồng có thời hạn 6 năm với Ceballos,[11] với mức phí chuyển nhượng 18 triệu euro.[12] Anh ra sân lần đầu cho Madrid ngày 16 tháng 8, thay người cho Toni Kroos ở phút 80 trong trận đấu lượt về tại giảiSiêu cúp Tây Ban Nha, đó là trận thắng 2–0 trên sân nhà trước FC Barcelona.[13] Ngày 23 tháng 9, anh lần đầu đá chính, ghi bàn trong trận thắng 2–1 trên sân Deportivo Alavés.[14]

Ceballos ra sân 4 lần tại Champions League 2017–18,[15] giải đấu mà Madrid vô địch lần thứ 13[16] Ngày 13 tháng 1 năm 2019, sau 15 phút liên tục bị người hâm mộ của đội bóng cũ la ó, anh đã ghi bàn từ pha đá phạt trực tiếp vào phút cuối, giúp Real Madrid thắng 2–1 trước Betis tại Estadio Benito Villamarín.[17]

Arsenal

Ngày 25 tháng 7 năm 2019, Ceballos gia nhập Arsenal theo hợp đồng cho mượn. Ceballos mang áo số 8, trước kia thuộc sở hữu của Aaron Ramsey, sau khi đã chuyển đến Juventus.[18][19] Ceballos cũng từng được Tottenham Hotspur liên hệ, nhưng đã quyết định chọn Arsenal, sau khi trao đổi với huấn luyện viên trưởng của Arsenal, Unai Emery.[20][21]